مدرسه علمیه عباسقلی خان شاملو در ابتدا با جذب و پذیرش فارغالتحصیلان دانشگاهی، به عنوان یکی از مدارس تحت مدیریت حوزه علمیه خراسان در سطح یک فعال شد و در کمتر از یک دهه جایگاه خود را در محافل حوزوی و دانشگاهی تثبیت نمود.
این مدرسه از سال ۱۳۹۶ و در آستانه گام دوم انقلاب اسلامی، فصل جدید فعالیت خود را در قالب مدرسه تخصصی علوم عقلی (سطح دو و سه پیوسته) آغاز نمود و مصمم است به عنوان اولین مدرسه علمیه مختص تعلیم و تعلم علوم و معارف حکمی در حوزه خراسان، از طریق «شناسایی، هدایت و جذب افراد مستعد و باانگیزه برای تحصیل در علوم عقلی» و «ارائه آموزشها در بالاترین سطح کیفی با بهرهمندی از محضر اساتید توانمند» و درعینحال، «تلاش برای ارتقاء معنویت، تأمین آرامش روحی و رشد همهجانبه طلاب مدرسه» بسترهای لازم را برای «تربیت اندیشمندان، پژوهشگران و مبلغان متعهد و کارآمد» در فهم عمیق معارف قرآن و اهلبیت علیهم السلام با استفاده از علوم عقلی و نشر آموزههای اسلام ناب و ارزشهای انقلاب فراهم آورد.
با استمداد از پروردگار متعالی و استعانت ازحضرات معصومین علیهم السلام
وبه برکت نعمت همجواری علیبنموسیالرضا علیه أفضل صلوات المصلین
و توفیق حضور در دوران شکوهمند انقلاب اسلامی و فعالیت در نخستین دهه از گام دوم انقلاب
تحت فرمان و زعامت حضرت آیت الله العظمی خامنه ای دام ظله العالی
با عنایت به چشم انداز حوزه علمیه خراسان
مدرسه علمیه عباسقلی خان در افق ۱۴۰۶
مدرسه برتر حوزه علمیه خراسان در عرصه علوم عقلی،
مرجع علمی، الگوی اجرایی و الهام بخش سایر مدارس علمیه در این عرصه ،
پرورش دهنده اندیشمندان، پژوهشگران و مبلغان متعهد و کارآمد
در تبیین معارف ناب دینی و دفاع از ارزشهای انقلابی
و مرکز شناخته شده حوزه های علمیه شیعی در اندیشهورزی و نظریهپردازی در عرصه علوم عقلی خواهدبود.